emlogの新バージョンはまだ使い慣れていないし、エディタにはまだ多くの問題があります!
しかし、JavaScriptにはあまり慣れていないので、PHPで改行処理を変更しただけです!
自身の記事ページ用テンプレートを検索してください(例:)。echo_log.php
記事の出力用変数を変更してください!

<?
$log_content = str_replace("<br />","</p><p>",$log_content);
echo $log_content;
?>`<br>`タグを`<p>`タグに直接置き換えてください!